1、扁平囊泡（saccule）由一组弯曲呈蹄铁形的扁平囊泡组成，来源于核膜外层。弯曲的囊泡有两个面（凸面和四面），凸面又称形成面（formingface），或称未成熟面（immatureface），靠近胞核；凹面为分泌面（secretingface），或称成熟面（matureface），面向细胞膜。形成面的囊膜较薄，近似细胞膜。因此，高尔基囊泡可视为内质网膜与细胞膜的中间分化阶段。

2、小泡（vesicle）数量较多，与一般胞饮小泡相似，常散布于扁平囊泡的形成面，小泡由高尔基复合体附近的粗面内质网芽生而来，并载有粗面内质网所合成的蛋白质成分，后者被运送到高尔基复合体的囊泡形成面，在此，小泡与形成面的扁平囊泡膜融合，蛋白质乃进入囊泡腔中。

3、大泡（vacuole）为扁平囊泡末端局部膨大而成，又称分泌泡或浓缩泡，大泡带着由扁平囊泡所生长的分泌物质（如脂蛋白、胆汁成分）断离扁平囊泡，将其运往窦腔或排向毛细胆管。分泌面细胞膜周微丝、微管系统的存在，是这一功能得以实现的必要前提和保证。

小泡的并入及大泡的断离，使高尔基囊膜不断处于新陈代谢的动态变化之中。

常见的高尔基复合体病理改变为肥大或萎缩。高尔基复合体肥大多见于分泌障碍并伴有高尔基大泡内分泌物潴留及淤胆等。胆汁成分潴留于分泌泡中；在营养性或中毒性肝脂肪变时，脂蛋白潴留于分泌囊泡中。高尔基复合体萎缩则常见于核蛋白体的合成功能下降状态，如各种毒性因子造成的肝细胞蛋白合成降低时，即常见粗面内质网脱颗粒和断裂。并伴有高尔基复合体的萎缩或消失。